你好,游客 登录 注册 搜索
背景:
阅读新闻

【PDF】基于Hadoop的基因组分析平台构建

[日期:2016-05-10] 来源:中国云计算  作者:包永红 [字体: ]

  本文主要研究了云计算开源平台Hadoop及其Hadoop平台下开源生物信息存储和处理工具的基础上做了如下工作:1. Hadoop基础平台的构建与研究研究了Hadoop Common、Hadoop分布式文件系统和MapReduce分布式计算框架。

Hadoop

  在Docker虚拟容器中构建了Hadoop集群及基因组分析平台,掌握了构建可伸缩、经济效率高、可靠的云计算基础设施的方法。2.基因组关联分析平台的构建(1)构建了核苷酸序列数据库。经过资源整合和标准化,创建了结合Hadoop分布式文件系统和MySql数据库相结合的反刍动物基因组信息资源库。(2)整合了基于Hadoop的基因组分析工具。在基因组分析中常见的应用有基因组序列组装、序列比对、基因组关联分析和序列表达分析等,结合开源的云计算生物技术工具Contrail、CloudBurst、Myrna并通过封装,建立了在Hadoop平台统一的作业运行和监控模型。(3)Web应用界面开发。

 

  
基于Hadoop的基因组分析平台构建





收藏 推荐 打印 | 录入:elainebo | 阅读:
本文评论   查看全部评论 (0)
表情: 表情 姓名: 字数
点评:
       
评论声明
  • 尊重网上道德,遵守中华人民共和国的各项有关法律法规
  • 承担一切因您的行为而直接或间接导致的民事或刑事法律责任
  • 本站管理人员有权保留或删除其管辖留言中的任意内容
  • 本站有权在网站内转载或引用您的评论
  • 参与本评论即表明您已经阅读并接受上述条款