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《R实战》之读书笔记

[日期:2014-10-30] 来源:CSDN  作者:王路情 [字体: ]

理解数据集

一个数据集通常由一个表格组合而成,行表示观测,列表示变量。病人的数据集如表1所示。


表1 病人数据集

数据集能够反映数据结构、数据类型和内容。

数据结构

R数据结构如图2所示。


图2:R数据结构

数据结构即数据的组织方式,R数据结构包括向量、矩阵、数组、数据框和列表等。

R向量

R向量是一维数组,元素类型可以为数值型、字符型和逻辑型等。

函数c()可用来形成向量,例如:

> a <- c(1,2,3,4)

> b <- c("one", "two", "three", "four")

> c <- c(TRUE, TRUE, TRUE, TRUE)

向量元素数据类型必须相同,标量可以视为一个元素的向量。

向量元素获取方法,位置获取法或者逻辑获取法,例如:

> a[1]

[1] 1

> a[c(2,3)]

[1] 2 3

> a[2:4]

[1] 2 3 4

> a[a>2]

[1] 3 4

R矩阵

R向量是一个二维数组,矩阵中元素的数据类型必须相同。

创建矩阵的方法,即用矩阵函数,形式如下:

mymatrix <- matrix(vector, nrow=nrownum,ncol=ncolnum,byrow=logical_value,

dimnames=list(rownames_vector,colnames_vector))

创建矩阵,例如:

> x <- matrix(1:20, nrow=5, ncol=4)

> x

     [,1] [,2] [,3] [,4]

[1,]    1    6   11   16

[2,]    2    7   12   17

[3,]    3    8   13   18

[4,]    4    9   14   19

[5,]    5   10   15   20

> cells <- c(1, 10, 100, 1000)

> rnames <- c("R1", "R2")

> cnames <- c("C1", "C2")

> mymatrix <- matrix(cells, nrow=2, ncol=2, byrow=TRUE, dimnames=list(rnames, cnames))

> mymatrix

    C1   C2

R1   1   10

R2 100 1000

R数组

R数组与相似,但维数超过2维。

创建数组方法,即用数组函数,形式如下:

myarray <- array(vector,  dimensions, dimnames)

创建数组,例如:

> dim1 <- c("A1", "A2")

> dim2 <- c("B1", "B2", "B3")

> dim3 <- c("C1", "C2", "C3", "C4")

> z <- array(1:24, c(2, 3, 4), dimnames=list(dim1, dim2, dim3))

> z

, , C1

   B1 B2 B3

A1  1  3  5

A2  2  4  6

, , C2

   B1 B2 B3

A1  7  9 11

A2  8 10 12

, , C3

   B1 B2 B3

A1 13 15 17

A2 14 16 18

, , C4

   B1 B2 B3

A1 19 21 23

A2 20 22 24

R数据框

R数据框中不同的列可以包含不同类型的内容。

表1病人数据集就可以使用R数据框来存放数据。

创建数据框,即用数据框函数,形式如下:

mydata <- data.frame(col1, col2,  col3 ...)

创建数据框,例如:

> patientID <- c(1, 2, 3, 4)

> age <- c(24, 34, 28, 52)

> diabtetes <- c("Type1", "Type2", "Type1", "Type1")

> status <- c("Poor", "Improved", "Excellent", "Poor")

> patientdata <- data.frame(patientID, age, diabtetes, status)

> patientdata

  patientID age diabtetes    status

1         1  24     Type1      Poor

2         2  34     Type2  Improved

3         3  28     Type1 Excellent

4         4  52     Type1      Poor

获取数据框中的元素,例如:

> patientdata[1:2]

  patientID age

1         1  24

2         2  34

3         3  28

4         4  52

> patientdata[,1]

[1] 1 2 3 4

> patientdata[1,]

  patientID age diabtetes status

1         1  24     Type1   Poor

> patientdata[c("age", "status")]

  age    status

1  24      Poor

2  34  Improved

3  28 Excellent

4  52      Poor

> patientdata$age

[1] 24 34 28 52

> patientdata[,2]

[1] 24 34 28 52

R数据框生成交叉表,例如

> table(patientdata$diabtetes, patientdata$status)

        Excellent Improved Poor

  Type1         1        0    2

  Type2         0        1    0

attach()函数可以把数据框加入到R的搜索路径。

detach()函数表示把数据框从R的搜索路径中移除。

R因子

分类或者有序分类变量在R中称为因子。

R 因子实例如下:

> patientID <- c(1, 2, 3, 4)

>  age <- c(24, 34, 28, 52)

> diabtetes <- c("Type1", "Type2", "Type1", "Type1")

> status <- c("Poor", "Improved", "Excellent", "Poor")

> diabtetes <- factor(diabtetes)

> status <- factor(status, order=TRUE)

> patientdata <- data.frame(patientID, age, diabtetes, status)

> str(patientdata)

'data.frame':   4 obs. of  4 variables:

 $ patientID: num  1 2 3 4

 $ age      : num  24 34 28 52

 $ diabtetes: Factor w/ 2 levels "Type1","Type2": 1 2 1 1

 $ status   : Ord.factor w/ 3 levels "Excellent"<"Improved"<..: 3 2 1 3

> summary(patientdata)

   patientID         age       diabtetes       status

 Min.   :1.00   Min.   :24.0   Type1:3   Excellent:1

 1st Qu.:1.75   1st Qu.:27.0   Type2:1   Improved :1

 Median :2.50   Median :31.0             Poor     :2

 Mean   :2.50   Mean   :34.5

 3rd Qu.:3.25   3rd Qu.:38.5

 Max.   :4.00   Max.   :52.0

R列表

R列表可以包含向量、矩阵、数据框、列表等。

创建列表的方法,即用列表函数,形式如下:

mylist <- list(object1, object2, ...)

创建列表,例如:

> g <- "My First List"

> h <- c(24, 12, 18, 29)

> j <- matrix(1:10, nrow=5)

> k <- c("one", "two", "three")

> mylist <- list(title=g, ages=h, j, k)

> mylist

$title

[1] "My First List"

$ages

[1] 24 12 18 29

[[3]]

     [,1] [,2]

[1,]    1    6

[2,]    2    7

[3,]    3    8

[4,]    4    9

[5,]    5   10

[[4]]

[1] "one"   "two"   "three"

获取列表中的元素

> mylist[[1]]

[1] "My First List"

> mylist[[2]]

[1] 24 12 18 29

> mylist[2]

$ages

[1] 24 12 18 29

> mylist[["ages"]]

[1] 24 12 18 29

数据输入

R导入不同数据源,如图3所示。


图3:R导入不同数据源

R数据导入可以参阅R官方文档:http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-data.pdf

R数据导入方式如下

方式一:从键盘导入,先创建一个空的数据框或者矩阵,后用edit()函数。例如:

> mydata <- data.frame(age=numeric(0), weight=numeric(0))

> mydata <- edit(mydata)

> mydata

  age weight

1  10     10

2  12      8

> fix(mydata)  # 等价于mydata <- edit(mydata)

> mydata

  age weight

1  10     10

2  12      8

3   8      7

方式二:从固定文本导入,使用函数read.table(),形式如下:

mydataframe <- read.table(file, header=logical_value, sep="delimiter", row.names="name")

方式三:从Excel导入,可以把Excel先转换为纯文本或者xxx.csv文件,使用方式二导入数据;或者在Windows操作系统,使用RODBC包中相关函数导入。例如:

> setwd("E:\\data")

> getwd()

[1] "E:/data"

> install.packages("RODBC")

> library(RODBC)

> channel <- odbcConnectExcel("patient.xls")

> mydataframe <- sqlFetch(channel,"Sheet1")

> mydataframe

  weight height

1     60   1.75

2     72   1.80

3     57   1.65

4     90   1.90

5     95   1.74

6     72   1.91

> odbcClose(channel)

> mydataframe

  weight height

1     60   1.75

2     72   1.80

3     57   1.65

4     90   1.90

5     95   1.74

6     72   1.91

若是Excel2007及以上版本,使用xlsx包中函数导入数据,例如:

> install.packages("xlsx")

> library(xlsx)

载入需要的程辑包:rJava

载入需要的程辑包:xlsxjars

> mydataframe1 <- read.xlsx("patient.xlsx", 1)

> mydataframe1

  weight height

1     60   1.75

2     72   1.80

3     57   1.65

4     90   1.90

5     95   1.74

6     72   1.91

方式四:从xml导入,可以用xml包种方法导入,可以参阅: www.omegahat.org/RSXML

方式五:从网页爬虫导入,可以先下载网页,再用readLines()方法,参阅:www.programmingr.com

方式六:从spss导入,可以用foreign包的read.spass()方法或者Hmisc包的spss.get()方法。

方式七:从sas导入,SAS9.1版本以下,可以用用foreign包的read.ssd()方法或者Hmisc包的sas.get()方法;更高版本,可以使用商业统计数据转换软件或者把SAS结果输出为csv格式,再用read.table()导入。

方式八:从stas导入,用foreign包的read.dta()方法。

方式九:从nteCDF导入,用ncdf或者ncdf4包中的方法。

方式十:从HDF5导入,用hdf5包中的方法。

方式十一:从DBMS导入,用包ODBC中方法,ODBC方法如图4所示。

图4: RODBC包的函数

一些与数据库打交道的包,例如:DBI、RJDBC、RMySQL、ROracle、RPostgreSQL和RSQLite等。

方式十二:从stattransfer导入

利用一个商业化软件stattransfer实现数据格式转换,参阅:www.stattransfer.com

标注数据

利用标准数据使得结果更易理解。通过变量标签或者值标签来标准数据。

工作于数据对象的有用函数

工作于数据对象的一些有用函数如图5所示:

图5:工作于数据对象的有用函数

总结

1​ 数据分析任务的挑战之一就是数据准备。

2R组织数据的方式,向量、矩阵、数组、数据库、列表等

3R数据导入方式

Resource:

1http://www.wangluqing.com/2014/06/r-in-action-note3/

2《R in action》第一部分第二章创建数据集





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